基因定位 如何设计引物我需要精细定位一个基因,该基因已经被初步定在两个标记之间,但原来在此两个标记之间所设计的SSR引物并未表现出多态性,请问怎样再重新设计SSR引物或indel、snp标记,

来源:学生作业帮助网 编辑:作业帮 时间:2024/04/30 02:20:18
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基因定位 如何设计引物
我需要精细定位一个基因,该基因已经被初步定在两个标记之间,但原来在此两个标记之间所设计的SSR引物并未表现出多态性,请问怎样再重新设计SSR引物或indel、snp标记,能够在更精确定位该基因呢

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你是做什么物种.如果是已经测序全基因组的物种,找这两个标记在染色体上的位置,然后下载其间的序列,一段一段做blast,找同源物种(或亚种)之间有indel的区段设计引物,包含indel在里面,长度为90-200bp之间都可以,我一般用110bp左右.如果初步定位区段比较大,可以隔500kb一个标记先再确定一下.如果是做大群体定的话,那就卡在两端了,关键是找到好用的引物.

建议你使用六聚体或者八聚体随机引物做RAPD看看,也能达到多态性分析的目的

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